Исследования для лабораторий

Заказать исследование

Полный спектр современных технологий анализа геномных, транскриптомных и метиломных данных для решения любой исследовательской задачи. Сильная команда биоинформатиков. Используем только оригинальные свежие реагенты, а наши приборы своевременно проходят техническое обслуживание и обновления.

Напишите нам, чтобы обсудить ваш научный проект — мы подскажем оптимальное решение вашей задачи в соответствии с мировой практикой и доступным бюджетом: NGS@genotek.ru.

Секвенирование геномов de novo

Мощная система Illumina HiSeq2500 для масштабных проектов по полногеномному секвенированию прокариот и эукариот. Обработка данных руками опытных биоинформатиков: сборка de novo и аннотация генома, коллинг отличий SNP и инделов в парных образцах и многое другое.


Ресеквенирование геномов

Ресеквенирование геномов с подбором оптимального покрытия для решения любых исследовательских задач. Картирование ридов на референсный геном с поиском отличий SNP и инделов.


Секвенирование генома и экзома человека

Полное секвенирование генома для исследовательских целей. Исследование клинически значимых областей генома для медицинской интерпретации результатов. Подбор оптимального покрытия для качественного решения задачи. Успешно обработали более 5000 экзомов и секвенировали около сотни геномов целиком.


Анализ транскриптома (RNA-seq)

Качественный и количественный анализ мРНК для изучения экспрессии генов в образце. Берем в работу материал любой сложности: иголки сосны, корни редиса, мышиные сердца. Помогаем определить необходимый объем данных для оптимального соотношения цены и качества анализа.


Анализ метагенома

Секвенирование 16S рибосомальной РНК для качественной и количественной оценки бактериального разнообразия в образце. Детальный анализ видового состава сообщества с учетом микроорганизмов, которые сложно или невозможно культивировать в лабораторных условиях.


Анализ метилирования

Объединение бисульфитной конверсии и секвенирования следующего поколения — бисульфитное секвенирование — единственный метод, позволяющий провести анализ метилирования на уровне единичных нуклеотидов на протяжении всего генома. Сократить стоимость анализа возможно с применением технологии обогащения CG-богатыми фрагментами генома (RRBS), направленной на исследование более 5 миллионов CpG сайтов.

клинические исследования

Поиск биомаркеров эффективности фармацевтических препаратов

NGS-анализ образцов ДНК, взятых у группы пациентов в рамках II фазы клинического испытания, с биоинформатической и статистической обработкой данных секвенирования. Поиск генов, коррелирующих с предрасположенностью к заболеванию, и мутаций в них, ответственных за резистентность к исследуемому препарату.


клинические исследования

Рекрутинг пациентов в клинические испытания

Сотрудничаем с врачами лечебных учреждений по всей стране и можем оказать содействие в формировании выборки для проведения клинических испытаний. Большой опыт компании в исследовании орфанных заболеваний будет полезен в ходе разработки новых лекарственных средств.


сельское хозяйство

Решения для направленной селекции

Сочетание современных методов секвенирования с биоинформатической и статистической обработкой исходных данных позволяет разработать оптимальный алгоритм скрещивания для получения конкретных фенотипических признаков. Поможем просчитать и реализовать необходимые действия для получения желаемого фенотипа в кратчайшие сроки.

Секвенирование генома и экзома человека

Полное секвенирование генома для исследовательских целей. Исследование клинически значимых областей генома для медицинской интерпретации результатов. Подбор оптимального покрытия для качественного решения задачи. Успешно обработали более 3000 экзомов и секвенировали около сотни геномов целиком.


Анализ на микроматрицах

Собственный чиповой анализатор Illumina HiScan для высокопроизводительного генотипирования и анализа метилирования на микроматрицах производства Illumina. Сочетание эффективности используемой платформы и качественной биоинформатической обработки данных для реализации популяционно-генетических исследований любой сложности.


Заказать

Некоторые публикации наших клиентов

2023 год

GWAS of depression in 4,520 individuals from the Russian population highlights the role of MAGI2 (S-SCAM) in the gut-brain axis

Pinakhina D., Yermakovich D., Vergasova E., Kasyanov E., Rukavishnikov G., Rezapova V., Kolosov N., Sergushichev A., Popov I., Kovalenko E., Ilinskaya A., Kim A., Plotnikov N., Ilinsky V., Neznanov N., Mazo G., Kibitov A., Rakitko A., Artomov M.
Frontiers in Genetics (2023), 13:972196 doi.org/10.3389/fgene.2022.972196

Consolidation of metabolomic, proteomic, and GWAS data in connective model of schizophrenia

Kopylov A.T., Stepanov A.A., Butkova T.V., Malsagova K.A., Zakharova N.V., Kostyuk G.P., Elmuratov A.U., Kaysheva A.L.
Scientific Reports (2023), 13, 2139 doi.org/10.1038/s41598-023-29117-7

2022 год

Validation of a DSM-5-based screening test using digital phenotyping in the Russian population

Kasyanov E.D., Verbitskaya E.V., Rakitko A.S., Ilyinsky V.V., Rukavishnikov G.V., Neznanov N.G., Kibitov A.O., Mazo G.E.
Zhurnal Nevrologii i Psikhiatrii Imeni S.S. Korsakova (2022), 122 (6. Vyp. 2): 64-70 doi.org/10.17116/jnevro202212206264

2021 год

Apremilast Pharmacogenomics in Russian Patients with Moderate-to-Severe and Severe Psoriasis

Verbenko D.A., Karamova A.E., Artamonova O.G., Deryabin D.G., Rakitko A., Chernitsov A., Krasnenko A., Elmuratov A., Solomka V.S., Kubanov A.A.
Journal of Personalized Medicine (2021); 11(1):20. doi.org/10.3390/jpm11010020

Mapping the human genetic architecture of COVID-19

COVID-19 Host Genetics Initiative.
Nature (2021), 600, 472–477 doi.org/10.1038/s41586-021-03767-x

Increased risk of severe clinical course of COVID-19 in carriers of HLA-C*04:01

Weiner J., Suwalski P., Holtgrewe M., Rakitko A., Thibeault C., Müller M., Patriki D., Quedenau C., Krüger U., Ilinsky V., Popov I., et al.
EClinicalMedicine (2021), 40:101099. doi:10.1016/j.eclinm.2021.101099

Genome assembly using quantum and quantuminspired annealing

Boev A.S., Rakitko A.S., Usmanov S.R., Kobzeva A.N., Popov I.V., Ilinsky V.V., Kiktenko E.O., Fedorov A.K.
Scientific Reports (2021), 11, 13183 doi.org/10.1038/s41598-021-88321-5

Screening of Depressive Symptoms in a Russian General Population Sample: A Web-based Cross-sectional Study

Kibitov A.A., Rakitko A.S., Kasyanov E.D., Rukavishnikov G.V., Kozlova K.A., Ilinsky V.V., Neznanov N.G., Mazo G.E., Kibitov A.O.
Clinical Practice & Epidemiology in Mental Health (2021), 17: 205-211. doi.org/10.2174/1745017902117010205

Non-linear interaction between physical activity and polygenic risk score of body mass index in Danish and Russian populations

Borisevich D., Schnurr T.M., Engelbrechtsen L., Rakitko A., Ängquist L., Ilinsky V., Aadahl M., Grarup N., Pedersen O., Sørensen T.I.A., Hansen T.
PLoS One (2021), 16(10): e0258748. doi.org/10.1371/journal.pone.0258748

2020 год

Neuronal ceroid lipofuscinosis in the Russian population: Two novel mutations and the prevalence of heterozygous carriers

Kozina A.A., Okuneva E.G., Baryshnikova N.V., Kondakova O.B., Nikolaeva E.A., Fedoniuk I.D., Mikhailova S.V., Krasnenko A.Y., Stetsenko I.F., Plotnikov N.A., Klimchuk O.I., Popov Y.V., Surkova E.I., Shatalov P.A., Rakitko A.S., Ilinsky V.V.
Molecular Genetics & Genomic Medicine (2020):e1228 doi.org/10.1002/mgg3.1228

Two novel PCDH19 mutations in Russian patients with epilepsy with intellectual disability limited to females: a case report

Kozina A.A., Okuneva E.G., Baryshnikova N.V., Fedonyuk I.D., Kholin A.A., Il'ina E.S., Krasnenko A.Y., Stetsenko I.F., Plotnikov N.A., Klimchuk O.I., Surkova E.I., Ilinsky V.V.
BMC Medical Genetics (2020), 21, 209. doi.org/10.1186/s12881-020-01119-6

2019 год

Liddle syndrome due to a novel mutation in the γ subunit of the epithelial sodium channel (ENaC) in family from Russia: a case report

Kozina A.A., Trofimova T.A., Okuneva E.G., Baryshnikova N.V., Obuhova V.A., Krasnenko A.Y., Tsukanov K.Y., Klimchuk O.I., Surkova E.I., Shatalov P.A., Ilinsky V.V.
BMC Nephrology (2019), 20(1):389 doi.org/10.1186/s12882-019-1579-4

Compound heterozygous POMGNT1 mutations leading to muscular dystrophy-dystroglycanopathy type A3: a case report

Kondakova O.B., Krasnenko A.Yu., Tsukanov K.Yu., Klimchuk O.I., Korostin D.O., Davidova A.I., Batysheva T.T., Zhurkova N.V., Surkova E.I., Shatalov P.A., Ilinsky V.V.
BMC Pediatrics (2019), 19, 98 doi.org/10.1186/s12887-019-1470-2

2018 год

Atypical onset of nephropathic infantile cystinosis in a Russian patient with rare CTNS mutation

Kozina A.A., Okuneva E.G., Baryshnikova N.V., Krasnenko A.Yu., Tsukanov K.Yu., Klimchuk O.I., Nikishina T.A., Fedoniuk I.D., Surkova E.I., Shatalov P.A., Ilinsky V.V.
Clinical Case Reports (2018); 6(9):1871-1876. doi.org/10.1002/ccr3.1678

A novel MFSD8 mutation in a Russian patient with neuronal ceroid lipofuscinosis type 7: a case report

Kozina A.A., Okuneva E.G., Baryshnikova N.V., Krasnenko A.Yu., Tsukanov K.Yu., Klimchuk O.I., Kondakova O.B., Larionova A.N., Batysheva T.T., Surkova E.I., Shatalov P.A., Ilinsky V.V.
BMC Medical Genetics (2018); 19(1):151. doi.org/10.1186/s12881-018-0669-7

Cytogenetic and Transcriptomic Analysis of Human Endometrial MSC Retaining Proliferative Activity after Sublethal Heat Shock

Shilina M.A., Grinchuk T.M., Anatskaya O.V., Vinogradov A.E., Alekseenko L. L, Elmuratov A. U., Nikolsky N.N.
Cells 2018, 7(11), 184; doi.org/10.3390/cells7110184

Draft Genome Sequence of Rhodococcus sp. Strain M8, Which Can Degrade a Broad Range of Nitriles

Novikov A.D., Lavrov K.V., Kasianov A.S., Gerasimova T.V., Yanenkoa A.S.
Genome Announcements (2018) 6(6):01526-17. doi.org/10.1128/genomeA.01526-17

Consequences of early life stress on genomic landscape of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice

Ershov, N.I., Bondar, N.P., Lepeshko, A.A., Reshetnikov, V.V., Ryabushkina, J.A., Merkulova, T.I.
BMC Genomics (2018) 19:1471-2164. doi.org/10.1186/s12864-018-4479-2

2017 год

De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus

Moskalev, A.А., Kudryavtseva, A.V., Graphodatsky, A.S., Beklemisheva, V.R., Serdyukova, N.A., Krutovsky, K.V., Sharov, V.V., Kulakovskiy, I.V., Lando, A.S., Kasianov, A.S., Kuzmin, D.A., Putintseva, Y.A., Feranchuk, S.I., Shaposhnikov, M.V., Fraifeld, V.E., Toren, D., Snezhkina, A.V., Sitnik, V.V.
BMC Evolutionary Biology (2017) 17:1471-2148. doi.org/10.1186/s12862-017-1103-z

Molecular Genetic Analysis of Human Endometrial Mesenchymal Stem Cells That Survived Sublethal Heat Shock

Vinogradov A.E., Shilina M.A., Anatskaya O.V., Alekseenko L.L, Fridlyanskaya I.I., Krasnenko A., Kim A., Korostin D., Ilynsky V., Elmuratov A., Tsyganov O., Grinchuk T.M., Nikolsky N.N.
Stem Cells International (2017) 2362630. doi.org/10.1155/2017/2362630

Genome analysis of Acidiplasma sp. MBA-1, a polyextremophilic archaeon predominant in the microbial community of a bioleaching reactor

Bulaev, A.G., Kanygina, A.V. Manolov, A.I.
Microbiology (2017) 86: 89. doi.org/10.1134/S0026261716060059

Draft genome of the strain RCAM1026 Rhizobium leguminosarum bv. viciae

Afonin A, Sulima A, Zhernakov A, Zhukov V.
Genomics Data (2017) 11:85-86. doi.org/10.1016/j.gdata.2016.12.003

2015 год

The dtd gene from Bacillus amyloliquefaciens encodes a putative d-tyrosyl-tRNATyr deacylase and is a selectable marker for Bacillus subtilis

Geraskina N.V., Butov I.A., Yomantas Y.A.V., Stoynova N.V.
Microbiological Research (2015) 171: 90-96. doi.org/10.1016/j.micres.2014.11.001

  • Секвенирование геномов de novo
  • Ресеквенирование геномов
  • Анализ метагенома
  • Анализ экспрессии генов
  • Анализ метилирования генов
  • Поиск биомаркеров эффективности фармацевтических препаратов
  • Рекрутинг пациентов в клинические испытания
  • Решения для направленной селекции
  • Секвенирование генома и экзома человека
  • Анализ на микроматрицах